U srednjovjekovnom Japanu, koji obuhvaća periode poput Heian (794–1185), Kamakura (1185–1333), Muromachi (1336–1573) i dio Edo perioda (1603–1868), ne postoje izravni zapisi koji bi koristili modernu terminologiju poput "non-binary" za opisivanje rodnog identiteta. Međutim, postoje povijesni dokazi koji ukazuju na postojanje rodne fluidnosti i uloga koje su prelazile stroge binarne kategorije muško-žensko, što bi danas moglo biti protumačeno kao slično non-binary identitetima.
Jedan od najpoznatijih primjera dolazi iz Edo perioda (koji se proteže izvan strogih granica srednjeg vijeka, ali ima korijene u ranijim tradicijama), a odnosi se na "wakashu". Wakashu su bili mladi muškarci, obično u dobi između djetinjstva i punoljetnosti (otprilike 7 do ranih 20-ih godina), koji su zauzimali poseban društveni i rodni prostor. Njihova uloga nije se uklapala u uobičajene kategorije odraslog muškarca ili žene – nosili su specifičnu odjeću i frizure koje su ih razlikovale od oba spola, a smatrani su poželjnim i od muškaraca i od žena. Ova "treća" rodna kategorija bila je kulturološki priznata i često prikazivana u umjetnosti, poput ukiyo-e drvoreza. Wakashu su prestajali biti wakashu nakon obreda punoljetnosti (genpuku), ali neki su odgađali taj prijelaz, produžujući svoje vrijeme u ovoj fluidnoj rodnoj ulozi.
U ranijim srednjovjekovnim periodima, poput Heian ere, postoje i naznake rodne fleksibilnosti, posebno u književnosti i religijskim praksama. Na primjer, budistički samostani su imali tradiciju "chigo" – mladih dječaka koji su služili monkima i ponekad bili uključeni u homoerotske odnose, gdje je njihov status bio više definiran dobom i ulogom nego strogim rodnim binarnostima. Također, u klasičnoj književnosti poput "Priče o Genjiju" (Genji Monogatari) iz Heian perioda, likovi često pokazuju suptilnu rodnu ambivalenciju, a ljepota se cijenila izvan strogih rodnih granica.
Shinto, dominantna religija u ranom Japanu, također nije imao stroge moralne kodekse koji bi osuđivali rodnu ili seksualnu raznolikost, što je omogućavalo veću fleksibilnost u društvenim ulogama. Primjerice, žene su u najranijim fazama japanske povijesti, poput kraljice Himiko u 3. stoljeću, imale značajne političke uloge, a kasnije su se pojavljivale i ratnice (onna-bugeisha) koje su preuzimale "muške" uloge.
Iako ovi primjeri ne koriste izravno pojam "non-binary" – jer je to suvremeni zapadni koncept – ukazuju na to da je srednjovjekovni Japan imao prostora za rodne identitete i izražaje koji nisu bili strogo binarno definirani. Ova fluidnost je djelomično nestala s dolaskom zapadnog utjecaja u 19. stoljeću, posebno tijekom Meiji ere, kada su se uvele strože binarne norme pod utjecajem europskih vrijednosti.
Dakle, iako nema zapisa koji eksplicitno identificiraju "non-binary" ljude u modernom smislu, kulturni i povijesni kontekst sugerira da su postojali pojedinci i uloge koje su transcendirale tradicionalne rodne binarne podjele.